申花队在备战间歇期时面临了一些困难。据《足球报》报道，由于申花队的许多球员被各级国家队抽调，所以他们无法进行分组对抗训练。
9月5日，申花队结束了短暂的休假，重新集结在久事康桥体育基地，准备剩余的6轮中超联赛和足协杯比赛。
但是当全队返回后，吴金贵面临着人员不足的问题。申花的一线队总共有34人，但此次集结只有21人。
吴曦队长伤愈后回归国家队；朱辰杰、蒋圣龙、徐皓阳、汪海健、戴伟浚、周俊辰、张威和温家宝等8名球员被亚运会队伍征召；何龙海、费尔南多、金顺凯和朱越参加国奥队的集训和比赛。
即使没有伤病，申花也只能有21人参加此次间歇期的训练。“确实是人太少了，我们连分组对抗都无法进行，只能想办法克服这个问题，尽可能地减少影响。”吴金贵表示。
对于申花来说，受影响的不仅仅是训练，更重要的是成绩可能会受到影响。在接下来的两三轮联赛中，申花可能会面临人员不足的问题，有可能会被挤出前三名。
从9月19日开始，男足亚运会队将开始亚运会的比赛。
中超第三阶段比赛从9月15日开始，申花将在9月16日客场对阵河南队，9月22日回到主场迎战沧州雄狮队。
申花将缺少8名队员，尤其是朱辰杰和蒋圣龙这两名防线核心的缺席是无法弥补的损失。
如果亚运会队伍能够顺利前进，那么申花队在第27轮对阵青岛海牛队的比赛也将受到人员不足的影响。
从最近一段时间的比赛来看，申花队由于没有进一步补强阵容，在后期表现上有些乏力。尤其是在其他俱乐部都进行了补强的情况下，申花的困难更加显著。